Giovani detective, impugnate la vostra lente d'ingrandimento! L'investigatore con gli occhiali più famoso dei manga sta per tornare in una nuova edizione. Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d'infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che... lo fa tornare bambino. Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del 'piccolo detective' Conan Edogawa... Durante una vacanza, Conan, Ran e Kogoro si ritrovano a bordo della nave di un ricchissimo industriale. L'omicidio dell'uomo e l'enorme eredità che si lascia alle spalle getterà una luce sinistra su tutti i membri della famiglia... Dopo aver risolto il caso (lasciando come al solito tutto il merito a Kogoro), per Conan iniziano i problemi seri: Ran ha infatti cominciato a notare una certa somiglianza tra lui e Shinichi, e malgrado l'assurdità della situazione si è convinta che i due siano la stessa persona.