Giovani detective, impugnate la vostra lente d'ingrandimento! L'investigatore con gli occhiali più famoso dei manga sta torna in una nuova edizione. Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d'infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che... lo fa tornare bambino. Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del 'piccolo detective' Conan Edogawa... Ran riesce a trascinare suo padre e Conan al museo, ma la loro visita verrà turbata dalla scoperta di un terribile omicidio ispirato al cruento soggetto di un'opera d'arte. Successivamente, Conan avrà l'occasione di incontrare nuovamente gli Uomini in Nero, e di scoprire un piccolo ma fondamentale elemento sulla loro identità...