Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d'infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che... lo fa tornare bambino! Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del 'piccolo detective' Conan Edogawa. Che gli Uomini in Nero abbiano scoperto la vera identità di Conan?!Dopo essere riuscito a sfuggire alle grinfie dei due criminali che hanno provato a rapirlo (una donna che si era spacciata per sua madre e un uomo che indossa una maschera), Conan ingaggia una lotta contro il tempo per sventare un omicidio e recuperare il misterioso farmaco che l'ha fatto rimpicciolire. L'uomo mascherato con cui ha a che fare, tuttavia, si rivela essere un osso più duro del previsto!