Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d'infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che... lo fa tornare bambino! Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del 'piccolo detective' Conan Edogawa. Conan si è cacciato in una situazione davvero difficilissima e Ran sta per smascherare la sua vera identità! Riuscirà a cavarsela e a tranquillizzare la ragazza, proteggendola dai rischi che correrebbe nel venire a conoscenza di quanto accaduto? E a seguire... un caso che chiama in causa nientemeno che il Barone della Notte, il criminale dei romanzi del padre di Shinichi Kudo.