Shinichi Kudo è un brillante liceale appassionato di gialli e, nonostante la giovane età, collabora con la polizia nelle indagini e riesce a risolvere da solo anche i casi più complicati. Un giorno, mentre è al parco divertimenti con la sua amica d'infanzia Ran, nota qualcosa di sospetto, ma prima che possa agire gli viene somministrato da dei loschi uomini in nero uno strano farmaco che... lo fa tornare bambino. Chi sono e cosa nascondono quei misteriosi criminali che lo hanno fatto rimpicciolire? E, soprattutto, come farà a ritornare quello di prima? Ecco un caso davvero difficile per Shinichi, che questa volta però dovrà affrontare sotto le mentite spoglie del 'piccolo detective' Conan Edogawa. Conan sembra avere qualcosa che non va... Che l'anomalo aumento di temperatura del suo corpo sia dovuto a qualcosa di più di una semplice influenza? Ma ecco arrivare all'improvviso una giovane star del mondo dell'investigazione: Heiji Hattori, uno studente di liceo che è già un promettente detective, animato da un senso di grande competizione nei confronti di Shinichi Kudo.