Copenaghen, 1846. Arthur ha solo diciassette anni, ma ha già una vita difficile alle spalle. Rimasto presto orfano di padre, ha preso una brutta strada, e solo l'intervento di un vecchio amico del padre l'ha salvato dalla prigione. Mortimer Welles infatti ha preso Arthur nella sua bottega, dove vende e restaura libri. Il posto ideale perché Arthur possa sapere di più sulla morte inspiegabile di suo padre e su quel libro scritto in una lingua misteriosa e incomprensibile che è l'unica eredità che l'uomo gli ha lasciato. Arthur inizia così a frequentare la biblioteca civica, dove incontra una ragazza di cui si innamora e dove soprattutto scopre l'esistenza di una Biblioteca segreta, un luogo raggiungibile solo grazie a un sistema ignoto nascosto proprio in quel libro indecifrabile. Ma che genere di libri conserva la Biblioteca? E chi sono davvero i custodi?