È il 1509. La Confraternita è salda, gli Assassini vigilano sulla pace e i Templari sono apparentemente sotto controllo. Ma il cuore di Ezio Auditore, maturo guerriero, batte sempre per l'azione, e il destino l'accontenta: per caso si imbatte in un documento che lo riporta ai giorni lontani del Maestro Altair e della 'crociata segreta', fedelmente annotata in un diario da Niccolò Polo che udì il racconto dalla sua viva voce. Il contenuto sconvolgente di quelle carte lo indurrà a intraprendere un epico viaggio alla secolare fortezza di Masyaf per ritrovare la biblioteca perduta del vecchio: un luogo in cui è custodita non solo l'antica sapienza, ma anche il più terribile segreto che il mondo abbia mai conosciuto, e di cui gli avversari sperano di impossessarsi per dominare l'umanità. Il luogo è però ermeticamente sigillato: cinque sono le chiavi per accedervi, e per ritrovarle Ezio dovrà raggiungere la caotica Costantinopoli, dove un esercito di Templari, di giorno in giorno più numeroso, minaccia di destabilizzare l'Impero Ottomano. Destreggiandosi abilmente nei turbolenti vicoli affiancato dal fido Yusuf Tazim, il capo locale degli Assassini, dalla bella Sofia Sartor e appoggiato addirittura da Solimano il Magnifico, che teme per le sorti del suo regno, Ezio ripercorre le orme di Altair per sconfiggere il nemico prima che sia troppo tardi.