Malesia, 1945. La famiglia di Cecily Alcantara è in pericolo: il figlio quindicenne, Abel, è scomparso e la figlia minore, Jasmin, è confinata in uno scantinato per evitare il terribile destino di essere costretta a prestare servizio nei 'campi di piacere'. Nel frattempo, la figlia maggiore Jujube lavora in una casa da tè frequentata da soldati giapponesi ubriachi, e ogni giorno è sempre più arrabbiata e frustrata. Cecily sa due cose: che è colpa sua e che la sua famiglia non dovrà mai scoprire la verità. Tutto ha inizio dieci anni prima, quando Cecily è la moglie annoiata di un anonimo burocrate al servizio degli inglesi che occupano il Paese. Un giorno, un incontro apparentemente casuale con il carismatico generale Fujiwara la risveglia dal torpore e la trascina rapidamente in un vortice eccitante di spionaggio e passione dove, per la prima volta, si sente protagonista di un grande sogno: quello di restituire 'l'Asia agli asiatici'. Invece, senza che se ne renda conto, le sue azioni contribuiscono indirettamente a inasprire la brutalità dell'occupazione giapponese. Ora, mentre la guerra raggiunge il suo apice, il passato torna a perseguitarla e la sua famiglia è sull'orlo della distruzione. Cecily farà di tutto per salvarla. Attraverso anni di dolore e di trionfi, raccontati dal punto di vista di quattro personaggi indimenticabili, 'Cominciò con due gocce di pioggia' è una saga sugli orrori della guerra, sui rapporti difficili tra colonizzati e oppressori e sull'ambiguità morale che si manifesta quando è in gioco la sopravvivenza.